NAT MED | Ինտեգրված ուռուցքը քարտեզագրելու բազմաբնույթ մոտեցում

NAT MED | Ինտեգրված ուռուցքը, անձեռնմխելի եւ մանրէաբանական քաղցկեղի քարտեզագրման բազմաբնույթ մոտեցումը բացահայտում է իմունային համակարգի հետ մանրէազերծման փոխազդեցությունը
Չնայած վերջին տարիներին առաջնային աղիքի քաղցկեղի կենսաբազմազանությունը ուսումնասիրվել է լայնորեն, ընթացիկ կլինիկական ուղեցույցները ապավինում են միայն ուռուցք-ավշային հանգույց-մետաստասի բեմադրությանը եւ հայտնաբերմանը, բուժման առաջարկությունները որոշելու համար: Հետազոտողները նշել են գեների արտահայտման վրա հիմնված անձեռնմխելի պատասխանների, մանրէազերծող պրոֆիլների եւ ուռուցքային ստրոմայի միջեւ ասոցիացիայի եւ ուռուցքային ստրոմայի միջեւ ասոցիացիայի եւ ուռուցքային ստրոմայի միջեւ ասոցիացիայի եւ ուռուցքային ստրոայի միջեւ ասոցիացիայի միջեւ ասոցիացիայի միջեւ:

Քանի որ հետազոտությունը առաջընթաց է ապրել, առաջնային գունային քաղցկեղի քանակական բնութագրերը, ներառյալ քաղցկեղի բջջային, քաղցկեղի, խութի կամ մանրէաբանական բնույթը, զգալիորեն փոխկապակցված կլինիկական արդյունքների հետ, բայց դրանց փոխկապակցվածությունը մեծապես պատկերացնում է հիվանդի արդյունքների վրա:
Վերջերս Քաթարի Սիդրա բժշկական հետազոտությունների ինստիտուտի հետ հետազոտողների միջեւ փոխհարաբերությունները տարածել են Քաթարի բժշկական հետազոտությունների մի խումբ, որը լրացել է ինտեգրված միավոր (մանրադիտակի) մի խումբ `համատեղելով միկրոբայական բնութագրերը (ICR): Թիմը կատարել է թարմ սառեցված նմուշների համապարփակ նմուշներ, առաջնային գունային քաղցկեղ ունեցող 348 հիվանդներից, ներառյալ ուռուցքների RNA- ի հաջորդականությունը եւ համընկնում են առողջ գունային հյուսվածքի, խորը T-Cell CENDEN- ի եւ 16-ականների բակտերիալ ռեպտան գենի հաջորդականությամբ, լրացնելով ամբողջ ուռուցքային գենոմի հաջորդականությունը: Ուսումնասիրությունը տպագրվել է բնության բժշկության մեջ, որպես «Մի ինտեգրված ուռուցք, հաստ աղիքի քաղցկեղի մեջ գտնվող իմունային ուռուցքային ատլաս»:

Հոդվածը հրապարակված է բնության բժշկության մեջ

AC-ICAM ակնարկ

Հետազոտողները օգտագործում էին օրթոգոնալ գենոմիկական պլատֆորմ `թարմ սառեցված ուռուցքային նմուշները վերլուծելու եւ հարակից աղիքային հյուսվածքին (ուռուցք-նորմալ զույգեր), առանց համակարգային թերապիայի հիստոլոգիական ախտորոշման հիստոլոգիական ախտորոշմամբ հիվանդներից: Հիմնվելով ամբողջ Exome Sequencing- ի (WES) տվյալների, RNA-SEQ տվյալների որակի վերահսկման եւ ընդգրկման չափանիշների ստուգում, 348 հիվանդի գենոմիկական տվյալներ պահպանվել եւ օգտագործվել է ներքեւի վերլուծության համար `4,6 տարի ժամկետով: Հետազոտական ​​խումբը անվանել է այս ռեսուրս SIDRA-LUMC AC-ICAM. Քարտեզ եւ իմունային քաղցկեղի միկրոբի փոխազդեցությունների քարտեզ եւ ուղեցույց (Նկար 1):

Մոլեկուլային դասակարգում, օգտագործելով ICR

Հետաքրքրաշարժ քաղցկեղի իմունետիկ ցուցիչների համար համապատասխանող անձեռնմխելի գենետիկական մարկերների հավաքագրումը, որը կոչվում է մերժման մշտական ​​մշտական ​​(ICR), հետազոտական ​​խումբը օպտիմիզացրել է ICR- ը `այն քսելով 20-գենի վահանակի մեջ, որը ներառում է 20-գենի վահանակ, ներառյալ քաղցկեղի քաղցկեղը, որը ծածկում է 20 գենոմայի վահանակը: ICR- ը կապված է նաեւ իմունոթերապիայի արձագանքի հետ `մի շարք քաղցկեղի տեսակների, ներառյալ կրծքագեղձի քաղցկեղը:

Նախ, հետազոտողները վավերացրել են AC-ICAM Cohort- ի ICR ստորագրությունը, օգտագործելով ICR գեների վրա հիմնված համասեռացման մոտեցում, Կոպորտը երեք կլաստերների / իմունային ենթատեսակների դասակարգելու համար. Բարձր ICR (տաք ուռուցքներ) (Գծապատկեր 1 բ): Հետազոտողները բնութագրեցին իմունային հակվածությունը, կապված համաձայնության մոլեկուլային ենթատեսակների (CMS) հետ, հաստ աղիքի քաղցկեղի տառադարձող վրա հիմնված դասակարգում: CMS կատեգորիաները ներառված են CMS1 / Imune, CMS2 / Canonical, CMS3 / Metabolol ու CMS4 / Mesenchymal: Վերլուծությունը ցույց տվեց, որ ICR- ի գնահատականները բացասաբար են պատկանել քաղցկեղի բջջային որոշակի ուղիների հետ բոլոր CMS ենթատեսակները, եւ իմունոսպուսային եւ ստրոմալի հետ կապված ուղիների հետ դրական հարաբերություններ են նկատվել միայն CMS4 ուռուցքների հետ:

Բոլոր CMS- ում բնական մարդասպան (ԼՂ) բջջային եւ T բջջային ենթաբազմության առատությունն ամենաբարձրն էր ICR- ի բարձր իմունային ենթատեսակների մեջ, այլ լեյկոցիտի ենթահանձնաժողովներում (Նկար 1C):

Գծապատկեր 1. AC-ICAM ուսումնասիրության ձեւավորում, իմունային եւ մոլեկուլային ենթատեսակներ եւ գոյատեւում:
ICR- ն գրավում է ուռուցքային հարստացված, կլոնապես ուժեղացված T բջիջները
Զինվել է միայն ուռուցքային հյուսվածքների ներմուծող T բջիջների փոքրամասնություն, որը հատուկ է ուռուցքային հակագենների համար (10% -ից պակաս): Հետեւաբար, ներհամայնքային T բջիջների մեծամասնությունը կոչվում է որպես Bystander T բջիջներ (Bystander T բջիջներ): Արդյունաբերական TCRS- ով սովորական TCL բջիջների քանակի ամենաուժեղ հարաբերակցությունը նկատվել է ստրոմալ բջիջների եւ լեյկոցիտի ենթաբաժինների մեջ (հայտնաբերվել է RNA-SEQ), որը կարող է օգտագործվել T բջջային ենթաբաժինների գնահատման համար (Նկար 2A): ԿԽՄԿ կլաստերներում (ընդհանուր եւ CMS դասակարգում) Իմունային SEQ TCRS- ի ամենաբարձր կլոնալը նկատվել է ICR-High եւ CMS ենթատեսակ CMS1 / IMINE Խմբերում (Նկար 2C), ICR- ի բարձրորակ ուռուցքների ամենաբարձր մասնաբաժինը: Օգտագործելով ամբողջ տառադարձող (18,270 գեն), վեց ICR գեներ (IFNG, Stat1, IRF1, CCL5, Gzcl10), TCR IMMUNE SEQ Clonality- ի հետ դրական առյնյակի լավագույն տասնյակում (Նկար 2D): Imunoseq TCR կլոնալն ավելի է կապում ավելի մեծ մասամբ ԿԽՄ-ի գեների մեծ մասի հետ, քան նկատվում է ուռուցքային պատասխանատու CD8 + ցուցիչների օգտագործումը (Նկար 2F եւ 2G): Եզրափակելով, վերը նշված վերլուծությունը ենթադրում է, որ ICR ստորագրությունը գրավում է ուռուցքային հարստացված, կլոնապես ուժեղացված T բջիջների ներկայությունը եւ կարող է բացատրել դրա կանխատեսումների հետեւանքները:

Գծապատկեր 2. TCR չափիչներ եւ հարաբերակցություն իմունային առնչվող գեների, իմունային եւ մոլեկուլային ենթատեսակների հետ:
Միկրոբի կազմը առողջ եւ հաստ աղիքի քաղցկեղի հյուսվածքներում
Հետազոտողները կատարել են 16S RRNA- ի հաջորդականացում, օգտագործելով ԴՆԹ-ն, որը արդյունահանվում է համապատասխան ուռուցքային եւ աղիքի առողջ հյուսվածքից 246 հիվանդից (Նկար 3A): Վավերացման համար հետազոտողները լրացուցիչ վերլուծել են 16-ականների գեների հաջորդականության տվյալները լրացուցիչ 42 ուռուցքային նմուշներից, որոնք չեն համընկնում վերլուծության համար մատչելի նորմալ ԴՆԹ-ին: Նախ, հետազոտողները համեմատում էին բուսական աշխարհի հարաբերական առատությունը համապատասխան ուռուցքների եւ աղիքի հյուսվածքի միջեւ: Ուռուցքների մեջ զգալիորեն աճել են զգալիորեն աճել է առողջ նմուշների համեմատ (Նկար 3A-3D): Ուժեղենի եւ առողջ նմուշների միջեւ որեւէ նմուշի բազմազանության մեջ էական տարբերություն չի եղել (մեկ նմուշի բազմազանությունը եւ տեսակների առատությունը) եւ մանրէրոֆիական բազմազանության համեստ իջեցում նկատվել է ICR- ի բարձր ուռուցքների համեմատ:
Մանրէաբանական պրոֆիլների եւ կլինիկական արդյունքների միջեւ կլինիկական համապատասխան ասոցիացիաներ հայտնաբերելու համար հետազոտողները նպատակ ունեին օգտագործել 16S RRNA GEEE- ի հաջորդականացված տվյալներ, որպեսզի պարզեն գոյատեւումը: AC-Icam246- ում հետազոտողները վազեցին ՕՀ-ի COX Regression Model, որը ընտրեց 41 առանձնահատկություններ ոչ զրոյական գործակիցներով (կապված դիֆերենցիալ մահացության ռիսկի հետ), որը կոչվում է MBR դասակարգիչներ (Նկար 3F):
Այս դասընթացների խմբում (ICAM246), MBR- ի ցածր գնահատականը (MBR <0, ցածր MBR) կապված էր մահվան զգալիորեն ցածր ռիսկի (85%) հետ: Հետազոտողները հաստատել են ցածր MBR- ի (ռիսկի) եւ երկարատեւ ՕՀ-ի միջեւ ասոցիացիան եւ երկարատեւ վավերացված համադրությամբ (ICAM42 եւ TCGA-COAD): (Նկար 3) Ուսումնասիրությունը ցույց տվեց ուժեղ հարաբերակցություն Endogastric Cocci- ի եւ MBR- ի միավորների միջեւ, որոնք նման էին ուռուցքի եւ աղիքի առողջ հյուսվածքին:

Գծապատկեր 3. Մանրէկուն ուռուցքային եւ առողջ հյուսվածքներում եւ ԿԽՄ-ի եւ հիվանդի գոյատեւման հետ փոխհարաբերությունները:
Եզրափակում
Այս ուսումնասիրության մեջ օգտագործված բազմաբնույթ մոտեցումը հնարավորություն է տալիս մանրակրկիտ հայտնաբերում եւ վերլուծություն գունային քաղցկեղի իմունային արձագանքի մոլեկուլային ստորագրության եւ բացահայտում է մանրէազերծված եւ իմունային համակարգի փոխազդեցությունը: TRCR- ի խորը TCR- ի հաջորդականությունը ցույց է տվել, որ ICR- ի կանխատեսող ազդեցությունը կարող է պայմանավորված լինել ուռուցքային հարստացված եւ, հնարավոր է, ուռուցքային հակատիպ-կոնկլոններ գրավելու ունակությամբ:

Վերլուծելով ուռուցքային մանրէազերծող կազմը, օգտագործելով 16S RRNA Gene Sequencing- ը AC-ICAM նմուշներում, թիմը պարզեցրեց միկրոբիոն ստորագրությունը (MBR ռիսկի գնահատական) `ուժեղ կանխատեսվող արժեքով: Չնայած այս ստորագրությունը բխում էր ուռուցքային նմուշներից, առողջ կոռուպցիա կար, որ առողջ գունային եւ ուռուցքային MBR ռիսկի միավորի միջեւ, առաջարկելով, որ այս ստորագրությունը կարող է գրավել հիվանդների աղիքային մանրէազերծումը: Համադրելով ICR- ի եւ MBR- ի գնահատականները, հնարավոր եղավ ճանաչել եւ վավերացնել բազմաբնույթ ուսանողական կենսաբազմագործը, որը կանխատեսում է գոյատեւումը աղիքի քաղցկեղով հիվանդների մոտ: Ուսումնասիրության բազմակողմանի տվյալների բազան տալիս է ռեսուրս, ավելի լավ հասկանալու համար COT CANCER կենսաբանությունը եւ կօգնի հայտնաբերել անհատականացված թերապեւտիկ մոտեցումները:

Տեղեկանք.
Roelands, J., Կուպպեն, PJK, Ahmed, Ei et al. Colon- ի քաղցկեղի ինտեգրված ուռուցք, իմունային եւ մանրէազերծող ատլաս: NAT MED 29, 1273-1286 (2023):